Desde o início da pandemia, em março de 2020, o Paraná já registrou a circulação de 24 linhagens de SARS-CoV-2, o vírus que provoca a Covid-19. Eles foram confirmados após o envio de testes RT-PCR positivos de paranaenses para sequenciamento genômico na Fiocruz e Fundação Ezequiel Dias (Funed), sob orientação da Rede Genômica Fiocruz e do Ministério da Saúde.
O Laboratório Central do Estado (Lacen/PR) envia quinzenalmente amostras para investigação e monitoramento das cepas circulantes no Paraná. A seleção é feita de forma aleatória e cumpre critérios técnicos e epidemiológicos, ou seja, refletem um recorte de um cenário e servem de balizador de pesquisa e informação.
No total, foram enviadas 925 amostras, sendo que 599 tiveram resultados divulgados e 326 ainda estão em processamento. Os estudos apontam predominância da variante zeta (P.2), originada no Rio de Janeiro, em 2020, e da variante gama (P.1 ou amazônica), considerada preocupante por conta da capacidade de transmissão, a partir de 2021.