A evolução da farmácia no Brasil acompanhou o progresso das ciências e da sociedade em todas as suas etapas. Face disso é necessário ao farmacêutico ter curso e diploma e ser inscrito no Conselho Federal de Farmácia do Brasil.
A preocupação dos profissionais farmacêuticos no sentido de estruturar a história da farmácia no Brasil é recente, só em 1953 por ocasião dos trabalhos da XI Convenção Brasileira de Farmacêuticos se criou a Sociedade Brasileira de História da Farmácia. O primeiro cadastro histórico que encontramos é a botica, derivada da palavra boteco e os mascates que vendiam as mesinhas e de mesinha em mesinha eles estabeleciam com as pequenas boticas. Não devemos esquecer que alguns desses mascates eram curandeiros, nascendo aí a profissão de boticário, hoje farmacêutico. Notáveis foram às boticas dos jesuítas na Bahia, Recife, Olinda, Maranhão, Rio de Janeiro e São Paulo.
Nesta época alguns decretos e leis passaram a regulamentar e reger os boticários, tão logo esses decretos foram regulamentados no século XVI. Qualquer pessoa que solicitasse ao comissário físico-mor do reino, desde que provasse que possuía conhecimento na manipulação corriqueira, conseguia a carta de boticário. Muitos desses boticários eram praticamente analfabetos, sabiam apenas assinar o nome e era comum os boticários cometerem desvarios, indicando aos seus clientes, chá de salgueiro com excrementos de porco ou outras coisas a mais que lhe venha a cabeça. Para coibir incessantes abusos, no ano de 1744 o comissário do físico-mor com os incidentes que ocorriam no comércio das drogas, baixou instrução que proibia ministrar drogas por estabelecimentos não cadastrados oficialmente, aplicando pesadas multas. O regimento de 1744 foi à origem da legislação farmacêutica atual, tanto é assim que a legislação do profissional responsável, deveria existir nas boticas, balanças, pesos e medidas, vasilhames e livros elementares. A fiscalização deveria ser efetivada de 3 em 3 anos pelo estado.
Em 1826 sai o primeiro regulamento que estabelece que o comércio de drogas e medicamentos é privativo do boticário, e como consequência, em 1832 cria-se a escola de anatomia e cirurgia. Foi nessa época que se criou oficialmente o um curso de farmácia, com duração de três anos funcionando anexo as escolas de medicina da Bahia e Rio de Janeiro.
Em 1839, criou a primeira escola isolada em Ouro Preto, MG e em 1896 surgiu a escola de farmácia de Porto Alegre. Em 12 de outubro de 1898 foi criada a escola autônoma de farmácia de São Paulo. Em 1912 é que surge escola destinada ao ensino farmacêutico em São Paulo. Estavam incluídos no ensino de farmácia, os conhecimentos científicos de medicamentos e anatomia. Em 1929 é editado o primeiro volume da Farmacopeia Brasileira.